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SUJET: Biologie de synthèse
   13/03/13 à 14:27 #36223
Pandora
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 Biologie de synthèse
Bonjour !

J'aimerais vous faire partager un sujet : celui de la "biologie synthétique" (synthetic biology en anglais). C'est un phénomène qui existe depuis plusieurs années (au moins 20 ans je dirais) mais qui connait un immense essor dernièrement ! Notamment grâce à l'évolution des techniques "de masse".

Le concept est de révolutionner l'approche classique de la biologie moléculaire : Au lieu de rechercher des modèles d'études, l'idée est de créer un modèle adapté à la recherche en question.

Évidemment cela amène au "biologic engineering" qui consiste à créer purement et simplement des systèmes biologique pour les besoins de l'homme : Par exemple une bactérie capable de dégrader un déchet toxique en un métabolite non toxique. Ou encore une bactérie créer pour tuer une autre bactérie pathogène pour l'homme. Les idées ne manquent pas, il suffit de regarder le nombre de publications concernant ce sujet dans les différentes revues scientifiques.

Les différentes "pièces" génomique de l'organisme sont assemblées, des logiciels de prédiction permettent d'avoir une idée du résultat, et l'on procède à des tests pour voir si la prédiction s'est avérée juste.

En dehors du biologic engeneering, il y a deux approches plus fondamentale de la biologie synthétique : L'une qui consiste à former de nouveau acide aminés (qui n'existe pas dans la nature) en profitant du fait que le code génétique est dégénéré (réalisé plusieurs fois par des équipes américaines).

Et une autre (celle dont j'aimerais surtout parler) qui consiste à la formation d'un acide nucléique de "troisième génération" qui ne possède pas une ou plusieurs des 4 bases présentes dans le génome des organismes terrestres (à priori tout de moins).
Une équipe européenne, grâce à l'utilisation de "machine à évoluer" a réussit à remplacer une des bases de l'ADN d'Echérichia coli (une bactérie) par un composé purement chimique absent de la nature (et toxique), formant des bactéries capable d'évoluer et de se multiplier comme son homologue "naturel". Cela a été publié dans une prestigieuse revue (impact factor 13 ou 14) : onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201100535/full

Cette même équipe est en ce moment en train d'essayer de remplacer une autre des 4 bases de l'ADN par un autre composé synthétique analogue.
L'avantage d'un tel organisme est qu'il serait incapable de survivre hors du laboratoire (le composé chimique de son ADN étant absent dans la nature), cela créé une "protection" pour l'écosystème (en comparaison à des OGM "classiques").
Cependant ces découvertes provoquent également beaucoup de remous en terme d'éthique : Qu'est-ce qui est véritablement vivant ? De l'ADN entièrement synthétique, né du laboratoire, qui est capable d'évoluer (comme un organisme "naturel") est-il vivant ou est-il un pur produit de synthèse ? Un beau moyen de contourner l'idée du brevetage du vivant.
De manière plus conjecturale, on pourrait imaginer un organisme pluricellulaire à l'ADN entièrement synthétique, capable de coder des acides aminés absents dans la nature, de la vie créée par la main de l'homme a partir de composés inertes.
Outre le fait que cela met un bon coup au créationnisme (!) cela intéresse également les scientifiques à la recherche des origines de la vie sur terre : On peut former de l'ADN sans avoir les bases de l'ADN retrouvées sur terre. Les premiers extra-terrestres sont terriens =)

Notez également : La biologie synthétique attise énormément d’intérêt de la part des industriels du pétrole (entre autre) : Imaginez une bactérie capable de synthétiser des hydrocarbures (ou des composés analogues) en masse. Cela génère d'immenses subventions dans le domaine, notamment aux états unis. A tel point qu'Obama à demandé à évaluer les risques/contrôle d'une telle technologie.
 
Dernière édition: 13/03/13 à 14:29 Par Pandora.
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   06/05/13 à 17:47 #37489
yquemener
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 Re: Biologie de synthèse
Je reviens sur ce sujet car il contient plein de questions passionnantes, mais desquelles as tu le plus envie de discuter, tu en lances beaucoup! Brevetage du vivant, définition de la vie, bactéries faisant du biofuel (il en existe plusieurs à ce jour), possibilités, risques, dérives...

Pour partir sur un thème qui me tient à coeur, je ne vois pas tant de problème à esquiver l'interdiction du "brevetage du vivant" que de légitimer la propriété des informations. Les modèles financiers bâtis autour de la recherche scientifique ont des limites très visibles et des effets plutôt néfaste à l'avancée des connaissances. J'aimerais bien qu'un jour ce débat s'ouvre...
 
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   06/05/13 à 18:33 #37494
Pandora
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 Re:Biologie de synthèse
Salut !

Je reviens sur ce sujet car il contient plein de questions passionnantes, mais desquelles as tu le plus envie de discuter, tu en lances beaucoup! Brevetage du vivant, définition de la vie, bactéries faisant du biofuel (il en existe plusieurs à ce jour), possibilités, risques, dérives...

Il y a plein de questions possibles en effet, j'essaye de faire large pour vendre le sujet =)
C'est comme tu le sens ! On peut traiter ça au fur et à mesure...

Pour partir sur un thème qui me tient à coeur, je ne vois pas tant de problème à esquiver l'interdiction du "brevetage du vivant" que de légitimer la propriété des informations.

Pourrais-tu détailler, je ne suis pas sûre de bien saisir le sens de ta phrase (ça doit être la fatigue a être bloquée sur un rapport toute la journée...)

Voilà ce que je pense du brevetage en tout cas :

Le brevetage du vivant est une question compliquée. D'un côté il y a la masse d'investissement, de travail et d'argent que représente un organisme génétiquement modifié, et de l'autre il y a... le vivant et les concepts qui y sont généralement associés : C'est immoral de s'approprier quelque chose de vivant. Dans ce simple cadre je serais (personnellement, pour le brevetage). Simplement car les biotechnologies ont avancées et une semence génétiquement modifiée, tout comme une machine complexe, est un produit industriel mis au point par l'homme. C'est le fruit de l'intelligence humaine donc de la propriété de celui qui a eu l'idée.

Là ou je suis contre, c'est lors du brevetage d'éléments fondamentaux du vivant. Exemple, aux Etats unis un gène a été breveté par un laboratoire (cependant le brevet a été cassé suite à un jugement), il fallait donc payer pour étudier ce gène. Une maladie étant associée à ce gène il apparaît alors un monopole du traitement de cette maladie par ce laboratoire, ce qui amène ensuite à des abus financiers. Un gène ne doit pas être brevetable car ce n'est pas le produit de l'intelligence humaine, cela parait logique pour protéger ces éléments fondamentaux du vivant.

Cependant la limite devient plus ténue avec la biologie de synthèse, elle ouvre un nouveau paradigme ou tout est fruit de l'intelligence humaine et donc tout est brevetable. On pourra se baser sur de nouveaux gènes, synthétiques, soumis à des brevets, qui provoqueront un monopole de différents laboratoire sur les recherches en biotechnologies. Il faut donc poser la limite entre l'assurance d'un retour sur investissement pour la recherche appliquée en biologie et l'évitement d'un blocage de cette recherche par le brevetage...

Les modèles financiers bâtis autour de la recherche scientifique ont des limites très visibles et des effets plutôt néfaste à l'avancée des connaissances. J'aimerais bien qu'un jour ce débat s'ouvre...

Aurais-tu un exemple en tête ?
 
Dernière édition: 06/05/13 à 18:34 Par Pandora.
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   08/05/13 à 21:50 #37506
Jean Doute
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 Biologie de synthèse et d'analyse !!
Bonsoir, Pandora,
Il y a plein de questions possibles en effet, j'essaye de faire large pour vendre le sujet =)Vendu ^^ !!

"Brevetage du vivant" est a mon avis une transgression "d'apprentis sorciers" où l'homme dans sa prétentieuse "intelligence" et sa grande inconscience, pense "égaler" Dame Nature sous prétexte qu'il a eut l'idée de "bidouiller scientifiquement" un seul être vivant.
Alors que ce dernier évolue dans un environnement déterminé par des millions d'années d'équilibre dans la biodiversité.

Cependant la limite devient plus ténue avec la biologie de synthèse, elle ouvre un nouveau paradigme ou tout est fruit de l'intelligence humaine et donc tout est brevetable

Effectivement, les applications sont très prometteuses et il faudra surement que les comités d’Éthique veillent...
Yves:
Les modèles financiers bâtis autour de la recherche scientifique ont des limites très visibles et des effets plutôt néfaste à l'avancée des connaissances. J'aimerais bien qu'un jour ce débat s'ouvre...

Tout a fait d'accord !! Il y a deux façons de faire de la science...
Soit on bidouille sans forcément avoir un modèle théorique si on trouve un truc bizarre on sait pas l'expliquer, soit on propose une nouvelle explication théorique que l'on mettra a l'épreuve des faits, et si on trouve un truc bizarre ben faut tout recommencer !

La demande forte en retour sur investissement, et les rendements demandés par les consortiums des fonds de recherche demandent des applications "commercialisable rapidement". La recherche qui est donc financé est principalement [u][b]la recherche d'application des connaissances déjà existantes[/b]/u], si on tombe par hasard sur quelques choses,et cela arrivent souvent en science, si ceci inexpliqué mais exploitable, alors on exploiteras le filon sans forcément savoir pourquoi çà marche et si cela a des conséquences autres que financières. Si c'est inexpliquée et inexploitable alors cela tombe dans les oubliettes, pas de publication sur l'anomalie qui n'a aucun intérêt, sauf si, on peut par ailleurs, plus tard lui trouver un nouvel usage.

Or dans la production connaissances c'est la recherche fondamentale d'outils permettant de prédire les phénomènes observés, les modèles, qui permet justement d'assurer l'apport en nouveautés !
En plus, les nouvelles théories développée dans un domaine, par exemple l'informatique, peuvent un jour servir dans un autre domaine, dans le même exemple historique : la biologie moléculaire, pour le séquençage de l'ADN.

Les Fonds de recherche en science fondamentale sont plutôt publique, pour la recherche appliquée ce sont généralement des fonds privée. Les budgets sont bien différent ...

Pour revenir a la biologie de synthèse,le retour d’accesseur du domaine biologique a l'informatique est peut-être pour bientôt, des protéines jouant le rôle de transistor pourrait donner un nouveaux souffle aux ordinateurs en attendant les improbables chants quantiques des mégabits promis par les physiciens !
 
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   06/06/13 à 01:59 #37799
laurence
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 Re:Biologie de synthèse
Bonsoir,
je trouve ce sujet passionnant, je met en lien cet article)pour ceux qui comme moi aurait du mal à voir la différence avec ce qui se faisait déjà dans le cadre du génie génétique.
 
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   06/06/13 à 11:05 #37803
yquemener
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 Re:Biologie de synthèse
Désolé pour la réponse tardive, plus le sujet est intéressant, plus on hésite à faire une réponse rapide !

Pandora écrit:
Pour partir sur un thème qui me tient à coeur, je ne vois pas tant de problème à esquiver l'interdiction du "brevetage du vivant" que de légitimer la propriété des informations.

Pourrais-tu détailler, je ne suis pas sûre de bien saisir le sens de ta phrase (ça doit être la fatigue a être bloquée sur un rapport toute la journée...)


Je n'ai peut être pas été très clair. Tu disais que la biologie de synthèse peut être dangereuse car elle peut permettre d'esquiver l'interdiction de breveter le vivant. Ma position est que le brevetage du vivant est un faux problème. Je ne souscris pas vraiment à la vision selon laquelle le vivant (sous entendu, les être vivants organiques "naturels") auraient une propriété spéciale qui leur donnerait droit à davantage de protection. C'est un argument qui sonne bien, mais qui ne me parait pas prendre le problème sous le bon angle.

Imaginons que je découvre une réaction chimique avec le soufre, qui permette, je ne sais pas, de générer à bas coût du pétrole. Je la brevète. J'interdis par là à quiconque possède du soufre de l'utiliser dans cette réaction. Si on découvre plus tard que cette réaction arrive naturellement à certains endroits, cela n'enlève rien à la validité du brevet.

Les brevets du vivant ne font rien d'autre que de permettre de faire la même chose avec des algues qu'avec du soufre. Si tu découvre au large de Madagascar une algue qui ne pousse que sur certains coraux et qui permet de guérir du cancer, c'est également brevetable.

Le problème des brevets n'est pas à mon sens qu'ils concernent des être vivants (ou plutôt, des parties d'êtres vivants) mais qu'ils verrouillent certains pans du savoir humain pendant une certaine période. Et ce, même à des fins de recherche.

Pire que le brevetage, il y a la notion de copyright sur l'ADN. Le brevet est finalement une des dispositions dite de propriété intellectuelle la plus douce qui soit : dure 20 ans avant de tomber dans le domaine public. Le copyright, c'est 70 à 100 ans après la mort de l'auteur.

Je comprends les arguments économiques : la mise au point de certains médicaments voire de certains OGMs demandent des investissements qui ne peuvent être repayés que grâce à une durée d'exploitation commerciale exclusive, mais ce que j'aimerais, c'est qu'on réfléchisse à ce problème sans s'interdire de sortir du carcan des lois existantes : brevets, copyright et marques.

On pourrait par exemple se demander s'il est normal de faire énormément de profit (je ne parle pas de recettes mais bien de profits) pour une boite pharmaceutique ? Il pourrait y avoir une obligation à réinvestir un certain quota dans la recherche, l'autorisation pour un état de décréter un état d'urgence sanitaire et de faire ses propres génériques (peut être moyennant dédommagements envers la boite concernée) etc...
 
Le sujet a été verrouillé.
   06/06/13 à 13:39 #37805
Pandora
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 Re:Biologie de synthèse
Salut Yquemener !

En fait nous sommes entièrement d'accord (décidément nous sommes toujours d'accord ! =))
Le problème n'est pas de breveter du vivant (bien que cela soit souvent amené sous cet angle), mais bel et bien de bloquer indirectement les autres recherches en "trustant" un nouveau composé.

Pire que le brevetage, il y a la notion de copyright sur l'ADN.

J'ignorais que c'était possible, as-tu un exemple ? J'ai lu un article (sur Craig Venter aussi) qui dit qu'il a été attaqué en justice car son génome (celui présenté dans l'article de Laurence) était signé d'une citation de James Joyce en base ADN (c'est tellement sexy comme principe !) : "To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life.". La loi du copyright pour la phrase a été appliquée contre lui, mais pas à propos de la propriété du génome.

Je comprends les arguments économiques : la mise au point de certains médicaments voire de certains OGMs demandent des investissements qui ne peuvent être repayés que grâce à une durée d'exploitation commerciale exclusive, mais ce que j'aimerais, c'est qu'on réfléchisse à ce problème sans s'interdire de sortir du carcan des lois existantes : brevets, copyright et marques.


La solution résiderait dans les attribution même de brevet : Il faut que l'idée brevetée soit une application d'un phénomène biologique (principe actif, vaccin...), d'une application ingénieurique (ça existe ce mot?) du phénomène.

On pourrait par exemple se demander s'il est normal de faire énormément de profit (je ne parle pas de recettes mais bien de profits) pour une boite pharmaceutique ? Il pourrait y avoir une obligation à réinvestir un certain quota dans la recherche, l'autorisation pour un état de décréter un état d'urgence sanitaire et de faire ses propres génériques (peut être moyennant dédommagements envers la boite concernée) etc...

Le réinvestissement dans la recherche existe (moins en France mais il y a beaucoup de co-financement privé/publique) aux Etats Unis ou la recherche est presque exclusivement alimentée par les boîtes privées par exemple (pharmaceutiques entre autre chose). Evidemment cela génère également beaucoup plus de recherche appliquée et de possibilité de brevet qu'ici, en France. C'est un peu un serpent qui se mord la queue, pour vendre et générer du profit il faut une exclusivité de brevet. D'un autre côté le brevet limite les innovations.

Pour les génériques ça ne changerait pas grand chose pour l'état. Certes, toutes les boîtes qui en ont les moyens peuvent en produire, mais il faut bien qu'une le fasse donc c'est elle qui empocherait les bénéfice. Bien que les génériques soient (en général ce n'est pas toujours forcément le cas) un peu moins cher.
 
Dernière édition: 06/06/13 à 13:40 Par Pandora.
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   06/06/13 à 14:46 #37806
yquemener
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 Re:Biologie de synthèse
Pandora écrit:
J'ignorais que c'était possible, as-tu un exemple ? J'ai lu un article.
Je ne connais que la loi appliquée au code informatique, j'ignore s'il y a des subtilités relatives à la biologie. Ce que je sais, c'est qu'a priori il me semble dur de copyrighter un gène découvert dans la nature : il faut en être l'auteur. Du coup, il faut assembler un gène spécifique, la recherche n'en est pas encore là, mais quand ça sera possible, imagine les dégats si l'exclusivité reste pendant 100 ans après la mort de l'auteur.

La solution résiderait dans les attribution même de brevet : Il faut que l'idée brevetée soit une application d'un phénomène biologique (principe actif, vaccin...), d'une application ingénieurique (ça existe ce mot?) du phénomène.Aujourd'hui, on brevète un procédé. Et comme de tout temps on considère la fabrication du pain ou de la bière (à l'aide de levure vivante) comme un procédé industriel, la présence d'êtres vivants dans le process n'y change rien.

Aujourd'hui, je ne suis pas trop mécontent du système de brevets qui existe : il permet de financer la recherche en garantissant une exploitation commerciale raisonnable (20 ans seulement, imagine si c'était le cas pour les films!). J'ai plus peur de ce qui va se passer quand le copyright entrera en jeu. J'aimerais que l'on rende légale l'utilisation d'un brevet à des fins de recherche (y compris privée) et que l'on trouve un mécanisme pour que la durée d'exclusivité d'un médicament ne soit pas trop longue ni trop courte.

Note qu'un générique, si je ne me trompe pas, c'est tout simplement un médicament qui est une copie d'un médicament qui a été protégé dans le passé. La différence de prix vient généralement du fait qu'un générique n'a pas à financer la recherche qui a amené à la découverte du principe actif.
 
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   06/06/13 à 15:24 #37808
Pandora
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 Re:Biologie de synthèse
Je ne connais que la loi appliquée au code informatique, j'ignore s'il y a des subtilités relatives à la biologie. Ce que je sais, c'est qu'a priori il me semble dur de copyrighter un gène découvert dans la nature : il faut en être l'auteur. Du coup, il faut assembler un gène spécifique, la recherche n'en est pas encore là, mais quand ça sera possible, imagine les dégats si l'exclusivité reste pendant 100 ans après la mort de l'auteur.

Hmmmmm je vois ce que tu veux dire.

Aujourd'hui, je ne suis pas trop mécontent du système de brevets qui existe : il permet de financer la recherche en garantissant une exploitation commerciale raisonnable (20 ans seulement, imagine si c'était le cas pour les films!). J'ai plus peur de ce qui va se passer quand le copyright entrera en jeu. J'aimerais que l'on rende légale l'utilisation d'un brevet à des fins de recherche (y compris privée) et que l'on trouve un mécanisme pour que la durée d'exclusivité d'un médicament ne soit pas trop longue ni trop courte.

Le copyright ne pourra pas s'appliquer à tout c'est quand même particulier à l'écriture d'un génome si j'ai bien compris, donc il est possible d'imaginer qu'il y est une dérogation si le procédé se "banalise".
On pourrait également également imaginer un brevet qui ne s'appliquerait qu'à la vente plutôt qu'à l'exploitation, ce qui laisserait le loisir à la recherche fondamentale d'aller ou elle veut en utilisant des techniques sous brevet.

Note qu'un générique, si je ne me trompe pas, c'est tout simplement un médicament qui est une copie d'un médicament qui a été protégé dans le passé. La différence de prix vient généralement du fait qu'un générique n'a pas à financer la recherche qui a amené à la découverte du principe actif.

Un générique est un médicament dont la formulation est tombée dans le patrimoine de l'humanité et donc accessible à tous. Dans les faits ce sont les mêmes boîtes pharmaceutiques qui les produisent et alignent les prix sur leur princeps, voir qui change un peu la formulation et le revendent sous la forme d'une nouvelle marque plus chère que l'ancien générique. L'avantage du générique c'est qu'il n'a pas besoin d'AMM même si les excipients changent (pourtant cela peut changer beaucoup au niveau des réactions allergiques par exemple), juste un test qui dit qu'ils sont aussi efficaces (+/- 10-15%) que l'original, donc ils peuvent êtres mis très vite sur le marché et êtres plus rentables qu'une formulation entièrement nouvelles. Les boîtes pharma ont tout intérêt à faire des génériques, moins de coût de recherche, pas d'études cliniques, fausses innovations, un peu moins cher à la vente mais avec une marge plus grande que les originaux =)
 
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   07/06/13 à 10:28 #37829
yquemener
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 Re:Biologie de synthèse
Pandora écrit:
Le copyright ne pourra pas s'appliquer à tout c'est quand même particulier à l'écriture d'un génome si j'ai bien compris, donc il est possible d'imaginer qu'il y est une dérogation si le procédé se "banalise". En fait tu donnais un exemple que j'ignorais, mais il semble bien avoir été montré que l'ADN est considéré être un support d'information comme un autre. Donc si une boite trouve une séquence ADN indispensable pour créer une protéine particulière, elle peut la déposer. Ce serait catastrophique.


On pourrait également également imaginer un brevet qui ne s'appliquerait qu'à la vente plutôt qu'à l'exploitation, ce qui laisserait le loisir à la recherche fondamentale d'aller ou elle veut en utilisant des techniques sous brevet.Oui, ça me plairait aussi ça.
 
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